京都駅―長崎駅を起点に、移動手段を比較します。
一口メモ
長崎市には国宝が３つあります。
新幹線（16,640円、4時間30分）
経路：京都駅―博多駅（または新鳥栖駅）―武雄温泉駅―長崎駅
料金：16,640円～21,510円
時間：4時間30分
利用列車例
京都―博多 ：新幹線
博多―武雄温泉：特急
武雄温泉―長崎：新幹線かもめ
料金例
指定席：21,510円
自由席：19,600円
往復割（乗車券のみ1割）、学割（乗車券のみ2割）あり
各区間の割引料金例
京都駅―博多駅（スマートEX）
EX早特7：13,820円（平日）
EX早特7：13,440円（土休日）
博多駅―長崎駅（JR九州ネット）
指定席：6,050円
自由席：5,520円
かもめネット：4,200円（当日購入可）
早特３：3,600円（3日前まで）
早特７：3,200円（7日前まで）
その他に、新大阪ー長崎間には「スーパー早特（15,850円）」もあります。
宿泊込みなら
私のおすすめ「ホテルフォルツァ」で、
JTBでは3.5万円からありました。
飛行機（8,000円、4時間）
経路：京都駅―大阪または神戸空港―長崎空港―長崎市街
料金：8,000円～
時間：4時間
大阪（伊丹、関空）、神戸の空港まで移動する必要があります。
飛行時間 ：1時間
長崎市街まで：1時間_1,200円（バス）
伊丹空港
京都駅から約1時間（1,000円～）
会社：ANA、JAL
料金：10,000円～
便数：多い
関西国際空港
京都駅から約1時間30分（2,000円～）
会社：ピーチ航空
料金：4,600円～
神戸空港
京都駅から約1時間30分（1,500円～）
会社：スカイマーク
料金：4,800円～
時間が合えば、スカイマークやピーチ航空が安いです。
旅行日が近いと高くなるので、ＡＮＡ国内旅行やＪＡＬのパック料金も確認してください。
バス（6,000円、10時間）
経路：京都駅―長崎駅
料金：6,000円～
時間：10時間
夜行バスの「ユタカライナー」などが運行しています。
時間や料金などの検索・予約は【楽天高速バス】からできます。
車 （20,660円、10時間）
経路：京都南IC―長崎IC
料金：20,660円
時間：10時間
距離：800km
ETCは11,490円、ガソリン代は9,070円です。
・ETC：普通車の休日料金
・ガソリン：1L=15km=170円
距離はありますが、車の旅行も楽しいですよね！
まとめ
選択肢が多いですが、新幹線が便利です。
大阪ー博多のバリ得や、宿泊込みでJTB（ホテルフォルツァおすすめ）が安く移動できます。