横浜駅ー長崎駅を起点に、移動を比較します。
新幹線：学割より安い
飛行機：早期予約で安くて速い
一口メモ
長崎の中華街にはあまり期待していけません（涙目）
新幹線（20,200円、7時間）
経路：新横浜駅―博多駅（または新鳥栖駅）―武雄温泉駅―長崎駅
料金：20,200円～28,210円
時間：7時間
全区間の料金例
指定席：28,210円
自由席：26,090円
往復割引
指定席：26,680円
自由席：24,560円
学生割引
指定席：25,150円
自由席：23,030円
割引料金例（20,200円～）
①新横浜―博多間（スマートEX）
EX早特7（平日）：17,720円
EX早特7（土休日）：17,310円
EX早特21ワイド：17,000円
②博多―長崎間（JR九州）
通常料金 ：6,050円
かもめネット：4,200円
早特３ ：3,600円
早特７ ：3,200円
九州内の列車
博多―武雄温泉：特急リレーかもめ
武雄温泉―長崎：新幹線かもめ
宿泊込み
JTBでは、4.5万円からありました。
「ホテルフォルツァ」おすすめです！
飛行機（12,000円、4時間30分）
経路：横浜―羽田空港―長崎空港―長崎市街
料金：12,000円～50,000円
時間：4時間30分（待ち1時間込み）
成田空港まで出ると安いですが、便数は少ないです。
・横浜駅ー羽田空港：30分_500円
・長崎空港ー長崎市街：1時間_1,200円（バス）
羽田空港
会社：ANA、JAL、ソラシドエアー、スカイマーク
料金：10,000円～48,000円
時間：2時間
便数：多い
・ソラシドエアが安い傾向
・スカイマークは神戸で乗換え
成田空港なら（横浜から2時間半）
会社：ジェットスター
料金：7,000円～20,000円
時間：2時間30分
便数：1日1便
旅行日が近いと、航空券料金はかなり高くなります。
バス（13,000円、17時間）
経路：横浜―博多―長崎駅
料金：13,000円
時間：17時間
横浜ー博多は、夜行バスです。
大阪ー長崎にも夜行バスもありますが、博多経由のほうが楽だと思います。
実際の時間や料金は【楽天高速バス】から確認してください。
車 （32,000円、14時間）
経路：新横浜IC―長崎IC
料金：32,000円
時間：14時間
距離：1,200km
ETCは18,370円、ガソリン代は13,600円です。
・ETC：普通車の休日料金
・1L=15km=170円
まとめ
飛行機が速くて便利。
ただし航空券は高くなるので、新幹線も利用できます。
宿泊込みが安いので、JTBで検索してください。
2人以上などの条件が合えば、最安値です。