水戸駅ー長崎駅を起点に、移動手段を比較します。
新幹線：「早特」利用で安い
飛行機：早期予約で安くて速い
一口メモ
長崎は歴史の街なので、「歴史文化博物館」に寄ると観光がより楽しくなります！
新幹線（22,510円、8時間30分）
経路：水戸駅―東京駅―博多駅（または新鳥栖駅）―武雄温泉駅―長崎駅
料金：22,510円～32,190円
時間：8時間30分
通常料金例
指定席：32,190円
自由席：29,570円
※それぞれに往復割引あり
割引料金例：最安値22,510円
水戸―東京間
在来線：2,310円
東京―博多間（スマートEX）
EX早特7（平日）：17,720円
EX早特7（土休日）：17,310円
EX早特21ワイド：17,000円
博多―長崎間（JR九州ネット予約)
通常料金 ：6,050円
かもめネット：4,200円
早特３ ：3,600円
早特７ ：3,200円
九州内の利用列車
博多駅―武雄温泉駅：特急リレーかもめ
武雄温泉駅―長崎駅：新幹線かもめ
宿泊込み
JTBでは、4.5万円からありました。
条件が合えば、最も安くなります。
飛行機（①15,000円、②11,000円、5時間）
経路：水戸駅―①羽田または②成田空港―長崎空港―長崎市街
料金：①15,000円～、②11,000円～
時間：５時間
羽田空港まで：2時間_約5,000円
成田空港まで：2時間_約4,000円
飛行時間は2時間、長崎市街までバスで1時間です。
羽田空港
会社：ANA、JAL、ソラシドエアー、スカイマーク
料金：10,000円～
便数：多い
・ソラシドエアが安い
・スカイマークは神戸で乗換え
成田空港
会社：ジェットスター
料金：7,000円～
時間：2時間30分
便数：1日1便
成田空港のLCCが安いですが、便数に注意です。
旅行日が近いと高くなるので、ＡＮＡ国内旅行やＪＡＬのパック料金も確認してください。
バス（16,000円、19時間）
経路：水戸―東京―博多―長崎駅
料金：16,000円
時間：19時間
東京ー博多は、夜行バスです。
・水戸―東京（昼行）：3時間_約2,500円
・東京―博多（夜行）：14時間_約10,000円
・博多―長崎（昼行）：2時間_約3,000円
大阪ー長崎間に夜行バスもありますが、博多経由のほうが楽だと思います。
実際の時間や乗継便、料金などは【楽天高速バス】から確認してください。
車 （37,100円、15時間）
経路：水戸南IC―長崎IC
料金：37,100円
時間：15時間
距離：1,350km
ETCは21,790円、ガソリン代は15,300円です。
・ETC：普通車の休日料金
・ガソリン：1L=15km=170円
まとめ
水戸⇔長崎は、飛行機が便利です。
宿泊込みが安いので、新幹線4.5万円～、飛行機（東京発）3.5万円～のJTBを比べてください。
条件が合えば、宿泊込みが最安値です。