熊本―札幌に直行便はないので、経路は大きく２つ。
①熊本空港から乗継便（羽田や伊丹などを経由）
②福岡空港まで移動し、直行便（バスまたは新幹線利用）
目次
熊本空港から乗継便（羽田や伊丹などを経由）
熊本空港から乗継便（20,000円、4時間）
経路：熊本空港―（羽田や伊丹など乗継ぎ）―新千歳空港
料金：20,000円～46,000円
時間：4時間（乗継による）
会社：ANA、JAL
熊本駅―熊本空港：1,000円_60分
ANAやJALでは、乗継便があります。
1か月以上前から予約出来れば、航空券は2万円から。
乗継便でなくても、自分で2区間の飛行機を予約することもできます。
例：熊本空港と新千歳空港に発着が空港
東京（羽田、成田）、大阪（伊丹）、愛知（中部）、静岡
宿泊込みは航空券と変わらない場合もあるので、ＡＮＡ国内旅行やＪＡＬで安いプランも比べてください。
福岡空港から直行便
福岡空港から直行便（①11,000円、5時間、②12,000円、4時間）
経路：熊本駅―福岡空港―新千歳空港
移動：①バス、②新幹線の利用
熊本駅―福岡空港（博多駅）間
バス ：3,000円～_2時間
新幹線：3,800円～_50分
バスと新幹線の料金は、あまり変わりません。
福岡空港から直行便
料金：8,000円～60,000円
時間：2時間20分
会社：ANA、JAL、スカイマーク、ピーチ
航空会社の料金例
ANA、JAL ：18,000円～60,000円
スカイマーク：12,000円～43,000円
ピーチ ： 8,000円～25,000円
安い航空券が見つかれば、福岡空港利用も検討できますね。
まとめ
航空券や空港までの移動時間によって、熊本空港か福岡空港を選択できそうですね。